Pozwoliło to dokładnie sfotografować całą powierzchnię Księżyca oraz objąć pomiarami altimetrycznymi rejony o szerokości selenograficznej od 60°N do 60°S.
Po okrążeniu Księżyca 297 razy, 3 maja uruchomiono silnik manewrowy sondy w celu skierowania jej na trajektorię w kierunku planetoidy (1620) Geographos, do której miała dotrzeć w sierpniu 1994. Clementine opuściła orbitę okołoksiężycową 5 maja 1994. Niestety, 7 maja o 14:39 UTC awarii uległ jeden z komputerów pokładowych sondy, co spowodowało niezamierzone odpalenie silniczków kontroli wysokości, które trwało 11 minut i zużyło całe paliwo. Sonda weszła w niekontrolowany ruch obrotowy z prędkością 80 obr./min. W takiej sytuacji przelot obok planetoidy nie przyniósłby żadnych użytecznych danych, a kontakt z sondą prawdopodobnie i tak zostałby utracony, dlatego zdecydowano pozostawić ją na orbicie okołoziemskiej, gdzie kontynuowała testy technologiczne. Misja zakończyła się w czerwcu 1994, kiedy to moc zasilania spadła do tak niskiego poziomu, że odbierane dane były nieczytelne. 20 lipca wpływ grawitacji Księżyca skierował sondę na orbitę heliocentryczną.