W sezonie letnim 2000 roku od czerwca do końca sierpnia skorzystało z niej 12 tys. pasażerów, jednak utrzymanie kolejki w tym roku kosztowało PKP 1,5 mln złotych. W 2001 linia Koszalin-Świelino (30 km) została skrócona o 10 km, a do końcowej stacji Rosnowo kolejka dojeżdżała jedynie w okresie wakacji. Pozostawiono tylko jeden kurs dziennie – z Koszalina o godz. 10:00 – i powrotny do Koszalina z Rosnowa o godz. 14:25. 17 września 2001 w swoją ostatnią trasę wyjechał pociąg towarowy do lotniska, a 22 września ustało połączenie na odcinku Świelino – Koszalin. Ostatecznie Koszalińska Kolej Wąskotorowa została zamknięta 1 października 2001 roku, a stowarzyszenie zawiesiło swoją działalność. Wkrótce potem cały zgromadzony na kolejce tabor został wywieziony lub rozkradziony w stopniu całkowicie uniemożliwiającym jego użytkowanie. Szczególnie brzemienne w skutkach były kradzieże torów. W ten sposób prawie cały szlak za Manowem, poza krótkim odcinkiem w Rosnowie, został zniszczony całkowicie.
Od 2005 thumb|Px48-3901 rusza z pierwszym pociągiem pasażerskim ze stacji Koszalin Wąskotorowy w 2021 roku thumb|MBxd2-307 z pociągiem pasażerskim na koronie zapory elektrowni w Rosnowie, 2016 rok 7 listopada 2005 powstało Towarzystwo Koszalińskiej Kolei Wąskotorowej. Jego podstawowym celem było uratowanie od zniszczenia i doprowadzenie do ponownego uruchomienia wąskotorówki, jednak nie miało związków z poprzednim stowarzyszeniem.