Choć Kościół powstał z połączenia zarówno zborów luterańskich jak i kalwińskich to dominowali w nim luteranieElżbieta Pałka, Sytuacja kościołów i związków wyznaniowych w Czechach i na Słowacji, s. 144, przez co w praktyce miał charakter luterański. Władze czechosłowackie uznały Kościół w lutym 1920 roku.
Podział administracyjny był trójstopniowy, najniższą jednostką był zbór (niem. Pfarrgemeinde), na wyższym szczeblu były obwody kościelne (niem. Kirchenkreis, dawniej seniorat), najwyższym szczeblem była gmina powszechna czyli cały Kościół. W 1920 podział Kościoła na obwody był następującyÜbersicht über die Gemeinden der deutschen evangelischen Kirche in der tsch.-sl. Rep. Zusammengestellt von Pfr. G. Fischer (Eger) im März 1920 : Ascher Kirchenkreis (30 800 wiernych, 3 zbory, 2 stacje kaznodziejskie) Westböhmischer Kirchenkreis (13 578 wiernych, 12 zborów, 1 filia, 39 stacji kazn.) Mittelböhmischer Kirchenkreis (22 410 wiernych, 11 zborów, 29 stacji kazn.) Ostböhmischer Kirchenkreis (17 917 wiernych, 13 zborów, 1 filia, 30 stacji kazn.) Schlesischer Kirchenkreis (16 196 wiernych, 9 zborów, 1 filia, 6 stacji kazn.) Mährischer Kirchenkreis (14 350 wiernych, 11 zborów, 20 stacji kazn.)