15 października 1576 roku miało miejsce świąteczne nabożeństwo w kościele św. Szczepana w obecności księcia Juliusza i dziedziczącego po nim księcia Henryka Juliusza z okazji założenia uniwersytetu w Helmstedt. Od tej daty kościół funkcjonował przez 127 lat do 1703 roku jako kościół uniwersyteckiRosemarie Pohl: Ecclesia in Monte. Die Kirche auf dem Berg. Helmstedt 2008, strona 17. Po tym czasie funkcję tę pełnił przebudowany kościół Augustinerkirche przy rynku w Helmstedt. Jednak profesorowie wydziału teologicznego uniwersytetu byli do momentu jego zamknięcia w 1810 roku pastorami i generalnymi superintendentami zboru w kościele Sankt-Stephani-Kirche.
W XIX wieku został zlikwidowany cmentarz graniczący bezpośrednio z kościołem z północnej i południowej strony, a około 50 z ponad 200 epitafiów i nagrobków wysoko postawionych osób miasta i byłego uniwersytetu przeniesiono na mur zewnętrzny i wewnątrz kościoła. Od 1872 roku cmentarz zboru znajduje się na obrzeżach miasta przy ulicy Magdeburger Tor.