Gerbillion i Bouvet zostali nawet w stolicy, gdzie zajmowali się między innymi nauczaniem cesarza geometrii.
Po tym jak Jeanowi udało się dobrze opanować języki używane na Dalekim Wschodzie, został wysłany, wraz z innym jezuitą, Tomaszem Pereirą jako część poselstwa chińskiego do Rosji. Towarzyszyli ambasadorom cesarskim w negocjacjach z Rosjanami w Nerczyńsku, gdzie debatowali o przebiegu granic między dwoma imperiami. Rozmowy te zakończyły się w 1689 roku podpisaniem specjalnego traktatu. Później cesarz jeszcze kilkukrotnie powierzał mu podobne zadania, głównie w sprawach mongolskich. Gerbillon wziął udział w ośmiu większych poselstwach do "Ziemi Tatarów". Był na przykład członkiem poselstwa do Chałchasów, które sprawiło, że ten odłam Mongołów uznał zwierzchność chińską. Towarzyszył również wojskom chińskim które pokonały Ojratów. W czasie wypraw do Mongolii zajmował się nie tylko sprawami dyplomatycznymi ale także prowadził badania, udało mu się na przykład ustalić, na podstawie obserwacji astronomicznych i obliczeń, współrzędne geograficzne wielu różnych obiektów.