16 stycznia 2018 Izba Poselska odmówiła udzielenia rządowi wotum zaufania.
Formalnie dymisja Andreja Babiša z funkcji premiera została przyjęta przez prezydenta 24 stycznia, w tym samym dniu został on powtórnie desygnowany na premiera. 6 czerwca Miloš Zeman ponownie mianował go premierem. Po kilkumiesięcznych negocjacjach partia premiera zawiązała koalicję z Czeską Partią Socjaldemokratyczną, a poparcie dla niej w parlamencie zadeklarowała Komunistyczna Partia Czech i Moraw. 27 czerwca 2018 prezydent dokonał zaprzysiężenia członków drugiego rządu Andreja Babiša. W międzyczasie, w lutym 2018, polityk ostatecznie przegrał proces przeciwko słowackim historykom z Instytutu Pamięci Narodu, których pozwał kilka lat wcześniej o pomówienie dotyczące jego współpracy z StB.
W kwietniu 2019 przedstawiciele czeskiej policji wskazali na zasadność przeprowadzenia przeciwko premierowi postępowania o defraudację. 23 czerwca 2019 w Pradze odbyła się masowa manifestacja przeciwko premierowi, w której według organizatorów wzięło udział 250 tysięcy osób. We wrześniu 2019 postępowanie karne dotyczące zarzucanej politykowi defraudacji zostało umorzone.