Struktura organizacyjna Stowarzyszenie, z siedzibą w Tokio, działa zgodnie z ustawą z 1952 roku. Najwyższym organem jest Izba Reprezentantów, składająca się z 223 przedstawicieli (wybieranych na 3 lata), którzy spotykają się dwa razy w roku (wybór prezesa, wiceprezesów i innych członków zarządu, ustalenie planów działalności i budżetu, zmiany statutu). Honorowym prezesem zarządu jest cesarzowa Japonii, a honorowymi wiceprzewodniczącymi – inni członkowie rodziny cesarskiej. Tytuł honorowego przewodniczącego mogą też otrzymywać byli prezesi. Realizację planów organizuje i nadzoruje nie więcej niż 12-osobowa Rada Gubernatorów, spotykająca się co miesiąc.
Towarzystwo ma oddziały w 47 prefekturach, którymi kierują wybieralne Board of Councillors, działające we współpracy z terenowymi jednostkami administracji rządowej i liderami lokalnych społeczności. Zarządowi centralnemu podlegają: Medical Centre, Plasma Fractionation Centre, Centre for NATNAT – Nucleic Acid Amplification Test. and Quarantine i School for Midwifery.
Działalność JRCS jest finansowana ze składek członkowskich oraz innych źródeł, m.in.