inskrypcja brzmi: „Imię moje Jan Leon Ziółkowski. Wyrosłem z tej ziemi”. Obok zostało także umieszczone epitafium katyńskie upamiętniające księdza.
W ramach akcji „Katyń... pamiętamy” / „Katyń... Ocalić od zapomnienia” księdza Ziółkowskiego uhonorowano poprzez zasadzenie Dębów Pamięci: 17 września 2009 w Połczynie-Zdroju, 13 kwietnia 2010 w Bochni, 19 kwietnia 2010 przy Zespole Szkół im. Jana Pawła II w Łapanowie.
Janowi Leonowi Ziółkowskiemu został poświęcony jeden z odcinków filmowego cyklu dokumentalnego pt. Epitafia katyńskie (2010).
12 maja 2019 w Kalwarii Pacławskiej, odbyła się uroczystość związana z odsłonięciem oraz poświęceniem tablicy pamiątkowej i Alei Dębów Pamięci Kapelanów Katyńskich przy kaplicy „Ukrzyżowanie”. Wśród 32 kapelanów wojskowych różnych wyznań, zamordowanych w Katyniu i innych miejscach kaźni w 1940, jest wymieniony ppłk Jan Leon Ziółkowski.