W 1928 kościół założył swój własny fundusz emerytalny.
Kościół Ewangelicki Augsburskiego i Helweckiego Wyznania w Małopolsce utrzymywał dobre stosunki z innymi wyznaniami, w 1926 jego przedstawiciel był przewodniczącym zjazdu kościołów ewangelickich, odbywającego się w Wilnie.
Kres funkcjonowania Kościoła wyznaczył wybuch II wojny światowej. Parafie, które znalazły się na terenie Generalnego Gubernatorstwa weszły w skład nowo utworzonego senioratu krakowskiego Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego (obejmującego swoim zasięgiem terytorium dystryktu krakowskiego). Część Niemców galicyjskich, którzy stanowili większość wyznawców Kościoła, wyjechała po wkroczeniu Armii Czerwonej w styczniu 1940 r. na podstawie niemiecko-radzieckiego porozumienia o wymianie ludności w ramach akcji przesiedleńczo-kolonizacyjnej Heim ins Reich. Większość pozostałych wiernych opuściła te tereny wraz z cofającymi się wojskami niemieckimi w latach 1944–1945.
Zgodnie z artykułem 1 ustawy z dnia 4 lipca 1947 w sprawie zmiany dekretu prezydenta RP z dnia 25 listopada 1936 r.