Książę był niepopularny wśród swoich poddanych, z racji presji podatkowej, jakiej ich poddawał. Posłuszeństwa odmówiło mu miasto Brunszwik – mimo oblężenia w 1606 r. nie zdołał go sobie podporządkować. Udał się wówczas ze skargą do cesarza, bez skutku. Pozostał jednak na stałe w Pradze. Stał się zaufanym człowiekiem cesarza Rudolfa i przewodniczył jego tajnej radzie. Odegrał kluczową rolę w zażegnaniu konfliktu między Rudolfem i jego bratem Maciejem i w zachowaniu równowagi pomiędzy wyznaniami w Czechach. Jego wystawne życie na dworze cesarskim pociągało jednak znaczne koszty, które zrujnowały skarbiec książęcy. Pozostawał w Pradze aż do śmierci, z krótką przerwą na wizytę w swoim księstwie, z którego jednak powrócił do stolicy Czech na wieść o śmierci Rudolfa. Wkrótce potem zmarł, pochowany został w ufundowanym przez siebie, wciąż wówczas nieukończonym kościele Beatae Mariae Virginis w Wolfenbüttel.