Z powodu braku zapasów i niesnasek z miejscowymi plemiona indiańskimi ekspedycja zakończyła się porażką.
W 1687 roku Kino i jego współpracownicy rozpoczął realizację zakrojonego na szeroką skalę projektu misyjnego w regionie nazywanym wówczas Pimerìa Alta, czyli na terenach współczesnego północnego Meksyku i południowej Arizony. W miejscowym krajobrazie dominowały pustynie i góry, toteż był on bardzo słabo zbadany i hiszpańska władza kolonialna w zasadzie go nie obejmowała. Osadnictwo miejscowych Indian, zwanych Pima, koncentrowało się w dolinach rzek. Dlatego też właśnie tu Kino zakładał główne ośrodki misyjne. Dotarł aż do rzeki Kolorado. Ochrzcił około 4 500 Indian"Eusebio Francisco Kino." Encyclopedia of World Biography. 2004. Szacuje się, że do momentu jego śmierci, razem ze swoimi współpracownikami, ochrzcili przeszło 30 000 ludzi.