Pracę opublikował w Botanical Gazette w roku 1899.
Okres 1900–1939 W następnych latach Henry Cowles nie rozwijał tematyki pracy doktorskiej, jednak przez 30 lat zachował wysoką pozycję w swojej dziedzinie. Pracował na Wydziale Botaniki Uniwersytetu w Chicago – jako naukowiec i dydaktyk – do przejścia na emeryturę (1934). W roku 1915 odegrał ważną rolę jako inicjator utworzenia i organizator Ecological Society of America. Został wybrany na prezesa ESA w roku 1918; był też prezesem Association of American Geographers (1910) oraz wiceprezesem i prezesem sekcji botanicznej American Association for the Advancement of Science (1913) i prezesem Botanical Society of America (1922). Pełnił również funkcję redaktora Gazety Botanicznej. Wśród jego studentów byli m.in.: William S. Cooper, Arthur Vestal, Victor Shelford, Paul Sears.
Zmarł w Chicago w roku 1939.
Publikacje Wybór według books.google.pl (autorstwo i wpółautorstwo): 1882 – Starved Rock State Park and Its Environs (wsp. Gilbert H.B.