Zyskał ogromny szacunek na uczelni, a także wśród mieszkańców miasta. Szkoła stała się modelem efektywności administracyjnej i prestiżowym centrum badawczym. W 1827 roku założył „Towarzystwo Medyczne Caracas”. Doprowadził do nawiązania kontaktów z wybitnymi ludźmi nauki na świecie. Augustin Pyramus de Candolle jeden z największych botaników swego czasu, w hołdzie dla pracy wykonanej w tej dziedzinie przez Vargasa, ochrzcił nazwą „Vargasia” niektóre rośliny. W 1832 założył katedrę chirurgii.
Polityka W 1830 roku u boku Bolivara uczestniczył w pracach Konwencji Konstytucyjnej i po jego śmierci został uznany za politycznego wykonawcę jego testamentu. W zdominowanym przez wojskowych życiu politycznym kraju, Vargas był postrzegany jako przedstawiciel wojska, co bardzo się nie podobało, zwłaszcza w kręgach intelektualnych. Popierany przez lud i generałów wygrał wybory w 1834 roku i w lutym 1835 roku został zaprzysiężony na szóstego Prezydenta Wenezueli. Rozbieżności w narodzie, nieprzychylność byłego prezydenta José Antonio Páez doprowadziły do zamieszek i zaledwie po 21 dniach, 30 marca prezydent złożył dymisję. Nie została ona przyjęta, ale już 8 czerwca w wyniku rewolucji (Revolución de las Reformas) został obalony i deportowany na wyspę Świętego Tomasza.