Uważał, że władza prezydenta Pakistanu Perveza Musharrafa pochodzi od szatana.
Dowództwo w dolinie Wadi-e Swat Po założeniu przez Baitullaha Mehsuda federacji ugrupowań talibańskich Tehrik-i-Taliban Pakistan, został mianowany dowódcą w Wadi-e Swat. Przystąpił do działań zaczepnych, które doprowadziły do bitwy w Wadi-e Swat, po której stopniowo narzucał prawo szariatu i wypierał jednostki sił rządowych. Silna pozycja, jaką budował Fazlullah, doprowadziła do tego, iż 13 kwietnia 2009 prezydent Pakistanu Asif Ali Zardari wprowadził w dolinie Swat prawo szariatu. Jednak talibowie na tym nie poprzestali i zajmowali kolejne okręgi, przez co armia pakistańska podjęła operację antytalibską pod kryptonimem Czarna Burza, podczas której Fazlullah został ranny.
Ofensywa zakończyła się objęciem formalniej kontroli przez siły bezpieczeństwa nad terenami doliny, po tym jak doszło do rozproszenia i przegonienia bojówek Tehrik-i-Taliban Pakistan. Jednak już kilka miesięcy po jej zakończeniu talibowie faktycznie kontrolowali wiele jej terenów, a Fazlullah odbudowywał swoją pozycję. Ułatwiła mu to katastrofalna powódź, która nawiedziła Pakistan na przełomie lipca i sierpnia 2010. Głównymi terenami dotkniętymi przez kataklizm były tereny Chajber Pasztunchwa, w szczególności Wadi-e Swat.