Spory między braćmi o podział księstwa wkrótce jednak zaczęły się na nowo i zakończone zostały dopiero po śmierci Wilhelma. Przeszkodą w ich zakończeniu za jego życia była choroba umysłowa, w którą Wilhelm popadł w 1581 r. i która spowodowała jego niezdolność do samodzielnych rządów. Faktyczne rządy odtąd sprawowała jego żona Dorota, z pomocą syna Ernesta. W tym czasie księstwo zostało powiększone – w 1582 r. przejęto hrabstwo Hoya, a w 1585 r. hrabstwo Diepholz, bo wymarciu tamtejszych rodów.
Życie prywatne Żoną Wilhelma była od 12 października 1561 r. Dorota, córka króla duńskiego Chrystiana III. Z małżeństwa tego pochodziło piętnaścioro dzieci: Zofia (1563–1639), żona Jerzego Fryderyka Hohenzollerna, margrabiego Ansbach i Bayreuth, Ernest (1564–1611), książę Lüneburga od 1592, Elżbieta (1565–1621), żona Fryderyka, hrabiego Hohenlohe-Langenburg, Chrystian (1566–1633), książę Lüneburga od 1611, August (1568–1636), książę Lüneburga od 1633, książę Brunszwik-Calenberg od 1635, Dorota (1570–1649), żona Karola Wittelbacha, księcia Zweibrücken-Birkenfeld, Klara (1571–1658), żona Wilhelma, hrabiego Schwarzburg-Frankenhausen, Anna Urszula (1572–1601), Małgorzata (1573–1643), żona Jana Kazimierza, księcia Saksonii-Coburg, Fryderyk