Jerzy Kowalski został przydzielony do Kedywu Okręgu Lwów AK na stanowisko zastępcy szefa Kedywu Okręgu, kpt. Adama Brudkowskiego ps. Andrzej. Do jego obowiązków należało m.in.: przygotowanie środków walki, szkolenie dywersyjne i bezpośredni udział w działaniach dywersyjnych. 30 listopada 1943 był ranny po próbie odbicia uwięzionych w Rawie Ruskiej. W dniach 23–27 lipca 1944 brał udział walkach o Lwów. Był oficerem ds. zleceń specjalnych kpt. Adama Brudkowskiego. W czasie akcji „Burza” kpt. Brudkowski był dowódcą pierwszego zgrupowania odwodu dowódcy 5 Dywizji Piechoty AK w rejonie Politechniki Lwowskiej. Adam Brudkowski i Jerzy Kowalski uniknęli aresztowania po rozbrojeniu oddziałów AK przez władze sowieckie. Obaj kontynuowali działalność niepodległościową w szeregach konspiracyjnej organizacji NIE. lewo|mały|340x340px|Jerzy Kowalski - oznakowanie z łagru w Workucie (шахта № 29) Jerzy Kowalski był przypadkowo aresztowany we Lwowie 27 kwietnia 1945. Został rozpoznany przez agentkę NKWD Zofię Sienkiewicz i skazany na 10 lat łagru za prowadzenie antysowieckiej działalności konspiracyjnej. Zesłany do Workuty pracował w (шахта № 29).