Faujas de Saint-Fond prowadził głównie badania geologiczne na terenie Francji, związane z działalnością wulkaniczną i jej produktami. Odkrył m.in. złoża rud żelaza w rejonie La Voulte-sur-Rhône w departamencie Ardèche, bazalty w rejonie Staffa oraz złoża pucolany w Velay w Owerni. Prowadził badania wielkich pokryw lawowych, zwanych trapami. To on jednoznacznie stwierdził, że bazalt jest wytworem działalności wulkanicznej. Poszukując rud metali odbył podróże naukowe po Anglii, Szkocji i Hebrydach. Wspierał także przedstawicieli innych dziedzin nauki, m.in. aerostatyki, inicjując zbiórkę funduszy na budowę pierwszych aerostatów. Pomagał szczególnie takim postaciom, jak Jacques Alexandre Charles, a następnie Étienne Montgolfier i Jean-François Pilâtre de Rozier.
Brał udział w opracowaniu Historii naturalnej Buffona, opracowując partie dotyczące geologii.
W 1842 mineralog Alexis Damour nazwał na jego cześć opisany przez siebie minerał zwany faujasytem.
Wybrana bibliografia Mémoire sur des bois de cerfs fossiles (1776).