29 marca 2011 roku rada regionu Franche-Comté zagłosowała, pierwszy raz w historii Francji, za zamknięciem elektrowni. 6 kwietnia podobny wniosek przegłosowała Wielka Rada Basel-Stadt, a sześć dni później również gmina Strasbourg. Około 3800 osób protestowało koło elektrowni 8 kwietnia. Sprawę zamknięcia elektrowni na forum Komisji Europejskiej wniosła grupa Zielonych Parlamentu Europejskiego.
Stowarzyszenie „Stop Fessenheim” zebrało ponad 63 tysiące podpisów pod internetową petycją nawołującą do zamknięcia obiektu. 18 kwietnia rozpoczęło 366-dniowy protest przed siedzibą lokalnej prefektury.
Mimo że elektrownia wdrożyła program poprawy bezpieczeństwa i przeszła pozytywnie kolejną 10-letnią ocenę działania, to jej zamknięcie do 2017 roku obiecywał François Hollande w zwycięskiej kampanii prezydenckiej w 2012.
Planowane zamknięcie elektrowni było również oprotestowane przez wielu naukowców i ekologów, którzy zwracali uwagę, że niskoemisyjna energia z Fessenheim zostanie zastąpiona przez gaz ziemny lub węgiel, tak jak miało to miejsce w Niemczech.