Na zaproszenie prof. rektora Bronisława Kopycińskiego z Politechniki Krakowskiej im. Tadeusza Kościuszki w 1957 przeprowadził się do Krakowa i rozpoczął pracę na Wydziale Budownictwa Politechniki Krakowskiej. W 1963 został profesorem zwyczajnym. Kierownik Katedry Budownictwa Ogólnego na Wydziale Budownictwa Lądowego Politechniki Krakowskiej (1956–1968). W 1968 przeszedł na emeryturę.
Członek Stowarzyszenia Architektów na Śląsku (przed 1934). Pierwszy Prezes ZO SARP O. Katowice (1934). Członek Sekcji Budownictwa i Architektury PAN. Członek Rady Naukowej Centralnego Zarządu Przemysłu Kamienia Budowlanego. Przewodniczący Rady Naukowej Zespołu Rzeczoznawców PZITB. Członek Rady Naukowej Instytutu Budownictwa Politechniki Krakowskiej.
Poślubił Jadwigę z Dydusiaków i mieli syna, Andrzeja.
Stanisław Mielnicki zmarł w Krakowie w 1969 r. i został pochowany na Cmentarzu Świętej Rodziny we WrocławiuCmentarz Parafialny św. Rodziny we Wrocławiu – wyszukiwarka. mały|Grób prof. Stanisława Mielnickiego na Cmentarzu Świętej Rodziny
W dzielnicy Wapienica w Bielsku jest ulica im.