Od 1916 profesor nadzwyczajny, był równocześnie dziekanem cerkwi w Siergijew Posadzie, zaś od 1919 - proboszczem akademickiej cerkwi Opieki Matki Bożej, wtedy też został archimandrytąВАРФОЛОМЕЙ.
Aresztowania, kierowanie tajną wspólnotą mniszą 6 września 1920 został aresztowany pod zarzutem podburzania ludności wygłoszonym w III niedzielę Wielkiego Postu kazaniem oraz członkostwa w Związku Obrony Ławry Troicko-Siergijewskiej, który według oskarżycieli miał na celu przekształcenie klasztoru w centrum oporu przeciwko bolszewikom. W lutym 1921 zwolniono go z uwagi na zły stan zdrowia. 28 lipca tego samego roku patriarcha Tichon wyświęcił go na biskupa siergijewskiego, wikariusza eparchii moskiewskiej.
Gdy w 1923 Ławra Troicko-Siergijewska została przez rząd zlikwidowana, biskup Bartłomiej stanął na czele wspólnoty Monasteru Wysoko-Pietrowskiego, od 1918 formalnie nieistniejącego. W tajnej wspólnocie, którą zgromadził przy czynnych (jako parafialne) cerkwiach dawnego monasteru, zgromadził znaczną liczbę mnichów, przyjmując do niej m.in. zakonników zlikwidowanej Pustelni św. Zozyma i Smoleńskiej Ikony Matki Bożej.