Po tym jak Jean-Michel Cousteau otworzył kurort na Fidżi, wykorzystując do reklamy nowo powstałego ośrodka turystycznego nazwisko rodowe, jego ojciec w 1995 wystąpił w tej sprawie na drogę sądową. W czerwcu 1996 sąd wydał nakaz, na mocy którego zobowiązał do dodania w sposób wyraźny (tej samej wielkości) imienia syna do nazwy hotelu. Kilka lat później, w 1999 Jean-Michel założył Ocean Futures Society – organizację zajmującą się ochroną mórz i edukacją, która popiera działania związane z ochroną przyrody, koncentruje się na badaniach naukowych oraz rozwija i prowadzi programy związane z edukacją morską. W 2003, Francesca Sorrenti i Marisha Shibuya, reprezentujące organizację SKe GROUP, wspólnie ze stowarzyszeniem Ocean Futures Society wydały (nakładem Trolley Books) publikację Water Culture (Kultura wodna), w której znalazły się liczne fotografię poświęcone środowisku wodnemu, jak również wywiady z osobistościami z całego świata poświęcone problematyce dostępu do wody. Cousteau pełni również funkcję prezesa francuskiego oddziału Międzynarodowego Zielonego Krzyża – organizacji powołanej w 1993, z założenia mającej być ekologicznym odpowiednikiem Międzynarodowego Czerwonego Krzyża.
W ciągu trwającej kilkadziesiąt lat kariery zawodowej wyprodukował około 70 filmów. Wyreżyserował kilka filmów, m.in.