wojnie toyot zastosował taktykę, która przyniosła przeciwnikowi ciężkie straty.
Cień w kontaktach między Déby a Hissènem Habré pojawił się w 1989 roku, w związku ze wzmocnieniem gwardii prezydenckiej. Habré oskarżył wówczas Déby’ego o przygotowywanie zamachu stanu, dlatego też ten zdecydował się na ucieczkę do Libii, a następnie do Sudanu. Tam utworzył Patriotyczny Ruch Ocalenia, ugrupowanie wspierane przez rządy Libii i Sudanu, by w październiku 1989 roku rozpocząć działania zbrojne zmierzające do obalenia prezydenta. Decydujący atak rozpoczął się 10 listopada 1990, a 2 grudnia Déby przy pomocy wiernych sobie oddziałów wojska zajął stolicę Czadu, Ndżamenę i przejął władzę. Habré udał się na emigrację, najpierw do Kamerunu, a potem do Senegalu.
Déby wprowadził system wielopartyjny, stanął następnie na czele rządu tymczasowego, by 28 lutego 1991 objąć formalnie funkcję prezydenta. Po przyjęciu w marcu 1996 roku nowej konstytucji, Déby został dwukrotnie wybrany prezydentem w powszechnych wyborach w 1996 i w 2001 roku, aczkolwiek obserwatorzy międzynarodowi zwracali uwagę na liczne naruszenia procedur wyborczych i prawa.