FC Nürnberg II Norymberga 4 miejsce SV Heimstetten Kirchheim bei München 5 miejsce TSV Buchbach Buchbach 6 miejsce TSV 1860 Rosenheim Rosenheim 7 miejsce FC Ingolstadt 04 II Ingolstadt 8 miejsce FC Memmingen Memmingen 9 miejsce Würzburger Kickers Würzburg 10 miejsce TSV 1896 Rain Rain 11 miejsce SpVgg Greuther Fürth II Fürth 12 miejsce FC Eintracht Bamberg Bamberg 13 miejsce SV Seligenporten Pyrbaum 14 miejsce Viktoria Aschaffenburg Aschaffenburg 15 miejsce FC Augsburg II Augsburg 16 miejsce wygrał baraże z BC Aichach SpVgg Bayern Hof Hof 17 miejsce wygrał baraże z TSV Großbardorf Drużyny, które awansowały z Bayernligi 2012/13: 1. FC Schweinfurt 05 Schweinfurt 1 miejsce Bayernliga-Nord SV Schalding-Heining Pasawa 1 miejsce Bayernliga-Süd
Tabela