Pastor, vol. XII, s. 503-507.. Komisja ta nie miała wówczas stałego charakteru, ani oficjalnie nadanej nazwy, a mandaty jej członków wygasały na czas sede vacante. Mimo to, wszyscy kolejni następcy Pawła III dbali o jej ciągłość, potwierdzając mandaty kardynałów inkwizytorów i w razie potrzeby mianując kolejnych. 14 grudnia 1558 papież Paweł IV (1555–1559) mianował kardynała Michele Ghislieriego wielkim inkwizytorem, zastrzegając, że jego mandat pozostaje w mocy także podczas sede vacantePastor, vol. XIV, s. 271.. Jego następca Pius IV (1559–1565) w dniu 2 sierpnia 1564 ostatecznie przekształcił trybunał w stałą kongregację Kurii Rzymskiej, zwaną po roku 1588 Kongregacją Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji. Jej członkowie nadal tytułowani byli jako inkwizytorzy generalni, a ich nominacje miały co do zasady charakter dożywotni.
Kongregacja Inkwizycji Rzymskiej i Powszechnej została przekształcona w Kongregację Świętego Oficjum w wyniku reformy Kurii Rzymskiej dokonanej przez papieża Piusa X 29 czerwca 1908.