Po zabezpieczeniu Ogniwa Artanis podejmuje liczne misje mające na celu odbudowę sił protosów. Na Shakuras, ojczyźnie Mrocznych Templariuszy, przywrócono połączenie przesyłowe, łączące planetę z Aiur. W międzyczasie siły Amona zaczynają przytłaczać planetę. Po przybyciu na Shakuras, Artanis pomaga Matriarchini Vorazun, córce Raszagal, ewakuować resztę Nerazimów, zanim zniszczy planetę, aby pozbawić Amona kontroli nad nią. Artanis podróżuje również na planetę Glacius, ośrodek badawczy zajmujący się opracowywaniem zaawansowanej broni protosów. Protosi odkrywają i budzą eksperymentalnego Czyściciela z zastoju. Z kolei Artanis odkrywa, że w ciele maszyny Czyściciela znajduje się świadomość Feniksa, pretora z czasów inwazji zergów na Aiur.