W 1914 jego stan zdrowia radykalnie się pogorszył. Dwa lata później zaprzestał przyjmowania uczniów duchownych i żył w całkowitej izolacji, uczestnicząc jedynie w nabożeństwach i regularnie spowiadając się przed ihumenem Germanem. Opuścił swoją celę dopiero w 1917, gdy został wybrany na jednego z delegatów duchowieństwa zakonnego na Sobór Lokalny Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Jemu powierzono wybór nowego patriarchy moskiewskiego i całej Rusi poprzez losowanie jednej z trzech kart z imionami kandydatów, którzy w pierwszej turze wyborów uzyskali największą liczbę głosów. Tą drogą urząd patriarszy objął dotychczasowy metropolita moskiewski i kołomieński Tichon.
W 1919 Aleksy złożył śluby mnisze wielkiej schimy. Po likwidacji Pustelni św. Zozyma i Smoleńskiej Ikony Matki Bożej przez władze radzieckie w 1923, schimnich zamieszkał w domu swojej duchowej córki, W. Wierchowcewej, w Siergijewie. Był już wtedy obłożnie chory. Zmarł w 1928 i został pochowany na cmentarzu Kukujewskim w mieście, w którym przeżył ostatnie lata. W 1953 jego szczątki zostały ekshumowane i przeniesione na tzw.