Branislav Niňaj (ur. 17 maja 1994 w Bratysławie) – słowacki piłkarz występujący na pozycji obrońcy w klubie FC Petržalka 1898, reprezentant Słowacji.
Kariera klubowa Swoją karierę piłkarską Niňaj rozpoczął w Akadémii Jozefa Vengloša w wieku 8 lat. W 2010 roku został zawodnikiem bratysławskiego klubu FC Petržalka 1898. W 2011 roku zadebiutował w nim w drugiej lidze słowackiej. W FC Petržalka grał do końca sezonu 2011/2012.
W lipcu 2012 roku Niňaj przeszedł do Slovana Bratysława. Swój debiut w nim zanotował 1 marca 2013 w wygranym 4:1 domowym meczu z FC ViOn Zlaté Moravce. W sezonie 2012/2013 wywalczył ze Slovanem mistrzostwo Słowacji oraz zdobył krajowy puchar.
W czerwcu 2015 trafił do KSC Lokeren. W 2017 był wypożyczony z niego do Osmanlısporu, a w 2018 wypożyczono go do MŠK Žilina.
Statystyki klubowe SezonKlubKrajRozgrywkiMeczeBramki 2010/11 FC Petržalka 1898 2. Liga 1 0 2011/12 FC Petržalka 1898 2.