Pauli II Hamburg 1 miejsce OL Hamburg SV Meppen Meppen 1 miejsce OL Niedersachsen VfB Germania Halberstadt Halberstadt 1 miejsce OL Nordost-Süd Berliner AK 07 Berlin * 3 miejsce OL Nordost-Nord Torgelower SV Greif (mistrz Oberligi Nordost-Nord) oraz Hansa Rostock II (wicemistrz) zrezygnowali z awansu do Regionalligi Nord przed rozpoczęciem rozgrywek, dzięki czemu Berliner AK 07 awansował do Regionalligi.
Tabela Poz.KlubMPkt.MeczeBramkizwy.rem.por.zdob.stra.1Hallescher FC 34 77 23 8 3 53 152Holstein Kiel 34 75 24 3 7 73 313RB Leipzig 34 73 22 7 5 71 304VfL Wolfsburg II 34 51 14 9 11 52 415TSV Havelse 34 51 14 9 11 54 466Hannover 96 II 34 50 14 8 12 47 487Berliner AK 07 34 47 14 5 15 48 478Hamburger SV II 34 45 13 6 15 56 479ZFC Meuselwitz 34 45 12 9 13 41 5210VFC Plauen 34 43 10 13 11 46 5011VfB Lübeck 34 38 10 8 16 41 4712SV Meppen 34 38 10 8 16 38 5613SV Wilhelmshaven 34 37 12 7 15 57 6414Hertha BSC II 34 37 10 7 17 38 5815Energie Cottbus II 34 36 9 9 16 39 6516VfB Germania Halberstadt 34 34 8 10 16 45 5317FC St. Pauli II 34 32 8 8 18 43 72181. FC Magdeburg 34 29 5 14 15 23 43Legenda:awans do 3. Ligi
Hallescher FC awansował do 3. Ligi 2012/13. Nikt nie spadł do Oberligi 2012/13. Za wykroczenia licencyjne SV Wilhelmshaven został ukarany 6.