finały te znane są również pod nazwą Earthquake Series, z powodu trzęsienia ziemi o sile 7,1 w skali Richtera, które nastąpiło 17 października przed meczem numer trzy. W 1996 po raz drugi w karierze zwyciężył w klasyfikacji pod względem liczby zdobytych home runów. W lipcu 1997 w ramach wymiany zawodników przeszedł do St. Louis Cardinals.
W 1998 wraz z Sammy Sosą, występującym wówczas w Chicago Cubs, podjął próbę pobicia rekordu należącego do Rogera Marisa, który w 1961 zdobył 61 home runów. 8 września 1998 w meczu przeciwko Cubs McGwire zdobył 62. home runa w sezonie; Sosa do tego momentu zdobył ich 58. Rok później ponownie zdobył najwięcej home runów i zaliczył najwięcej RBI. W 2001 zakończył zawodniczą karierę. W 2010 przyznał się do zażywania niedozwolonych środków dopingujących w latach dziewięćdziesiątych.
Późniejszy okres W latach 2010–2012 był trenerem pałkarzy w St. Louis Cardinals, następnie pełnił tę funkcję w Los Angeles Dodgers. W grudniu 2015 został asystentem menadżera Andy'ego Greena w San Diego Padres.