W sezonie Apertura 2005 zanotował natomiast pierwsze w swojej karierze mistrzostwo Kolumbii, jednak pełnił już wówczas głównie rolę rezerwowego swojej ekipy.
Latem 2006 Marrugo został zawodnikiem drużyny Independiente Santa Fe, w której występował przez następne półtora roku, mając pewną pozycję w pierwszym składzie, lecz nie potrafił nawiązać do sukcesów odnoszonych w barwach Atlético Nacional. W styczniu 2008 przeszedł do klubu Deportes Tolima z miasta Ibagué, w ramach rozliczenia za transfer Yuliána Anchico, który przeniósł się wówczas do Santa Fe. Tam z miejsca zaczął pełnić funkcję kluczowego piłkarza swojej ekipy, zostając jednym z najlepszych pomocników w lidze kolumbijskiej. W Tolimie występował jako gwiazda zespołu przez pięć lat, jednak zdołał odnieść ze swoją drużyną tylko jedno osiągnięcie na arenie krajowej; wicemistrzostwo Kolumbii w rozgrywkach Finalización 2010. Na początku 2013 roku za sumę około trzech milionów dolarów zasilił meksykańską ekipę CF Pachuca.