Częstsze występy notował w drugoligowych rezerwach klubu – Pachuca Juniors, a przez pewien czas grał również na wypożyczeniu w nowo powstałej, drugoligowej filii Pachuki – ekipie Indios de Ciudad Juárez.
Po powrocie do Pachuki, Hernández osiągnął ze swoim zespołem kolejne pasmo sukcesów na arenie krajowej i międzynarodowej; w wiosennych rozgrywkach Clausura 2006 po raz drugi wywalczył mistrzostwo Meksyku, w tym samym roku zajął także drugie miejsce w Campeón de Campeones i wygrał drugie co do ważności rozgrywki Ameryki Południowej – Copa Sudamericana. W 2007 roku zajął drugie miejsce w południowoamerykańskim superpucharze – Recopa Sudamericana, a także triumfował w najbardziej prestiżowych rozgrywkach północnoamerykańskiego kontynentu – Pucharze Mistrzów CONCACAF. Ponadto w sezonie Clausura 2007 trzeci raz w swojej karierze zdobył z ekipą prowadzoną przez Enrique Mezę tytuł mistrza Meksyku. Cały czas pozostawał jednak głębokim rezerwowym dla klubowej legendy – Miguela Calero, w najlepszym wypadku pełniąc rolę drugiego bramkarza drużyny. W lipcu 2007 został wypożyczony do drugoligowego zespołu Atlético Mexiquense (filii klubu Deportivo Toluca).