Od 2004 przewodniczy komitetowi redakcyjnemu serii Klasycy Historiografii Warszawskiej. Od 2005 jest członkiem Rady Programowej Szkoły Języków Obcych przy UW; od 2009 pełni funkcję koordynatora naukowego Podyplomowego Studium Varsavianistycznego przy IH UW. W latach 2013 -2021 była członkiem Redakcji Przeglądu Historycznego.
Od 2012 do 2016 roku pełniła funkcję zastępcy dyrektora Instytutu Historycznego Uniwersytetu Warszawskiego. Od 2013 jest członkiem rady redakcyjnej „Rocznika Warszawskiego” oraz kierownikiem Zakładu Historii XIX w. w IH UW (2013–2020).
Od 2016 do 2020 roku była dziekanem Wydziału Historycznego Uniwersytetu Warszawskiego.
Od 2020 dziekan Wydziału Nauk o Kulturze i Sztuce Uniwersytetu Warszawskiego.
Została wybrana na członka Komitetu Nauk Historycznych PAN na kadencję 2020–2023.
Za książkę Nie ma Mikołaja! Starania o kształt sejmu w powstaniu listopadowym 1830–1831Małgorzata Karpińska, Nie ma Mikołaja!