Używanie takiego herbu nie było jednak poparte żadną podstawą prawną.
W związku z powyższym w 1996 radni gminy Pruszcz Gdański podjęli decyzję o rezygnacji z wizerunku lwa na rzecz symbolu gryfa, symbolizującego obszar Pomorza, w skład którego wchodzi również terytorium gminy Pruszcz Gdański. Dla podkreślenia rolniczego charakteru gminy figurę gryfa umieszczono na zielonej tarczy, mającej symbolizować pola, a ponadto literę P wypełniono motywem roślinnym kłosa pszenicy o 27 złotych ziarnach, symbolizujących 27 sołectw wchodzących w skład gminy. Figura heraldyczna i litera „P” obrysowane były złotymi konturami. Używanie takiego herbu zostało usankcjonowane na mocy Uchwały Rady Gminy z 9 sierpnia 1996 r.. Herb ten nie był w momencie przyjęcia opiniowany przez Komisję Heraldyczną, gdyż w 1996 r. nie było takiego wymogu.
W związku z tym, że podjęta później decyzja radnych w sprawie ustanowienia flagi gminyUchwała nr XX/61/2000 Rady Gminy Pruszcz Gdański z dnia 14 września 2000r. w sprawie ustanowienia flagi gminy Pruszcz Gdański została przez Komisję Heraldyczną zaopiniowana negatywnie (opinia komisji dotarła do Rady Gminy Pruszcz Gdański już po podjęciu uchwały o ustanowieniu flagi), m.in.