W partii monarchistów oraz w Konstytuancie Mounier początkowo bronił nowych idei, opowiadając się za sojuszem Stanu Trzeciego z obiema klasami uprzywilejowanymi: szlachtą i klerem. Był pomysłodawcą słynnej Przysięgi w sali do gry w piłkę. Ponadto uczestniczył w przygotowaniach nowej konstytucji i domagał się przywrócenia Jacques’a Neckera na stanowisko generalnego kontrolera finansów. W dniu 28 września Mounier został wybrany na stanowisko przewodniczącego Konstytuanty. Jednak nie mogąc wprowadzić w życie działań zgodnych ze swoimi poglądami, Mounier zrezygnował z funkcji przewodniczącego w dniu 10 października 1789, zrzekł się mandatu poselskiego, po czym wrócił do Delfinatu. Wkrótce stał się osobą podejrzaną i aby uniknąć aresztowania wyjechał do Szwajcarii w roku 1790.
Mounier wrócił do Francji w roku 1801. Napoleon Bonaparte powierzył mu stanowisko prefekta w departamencie Ille-et-Vilaine. Wprowadziwszy zmiany organizacyjne Ille-et-Vilaine, Mounier został powołany na członka Rady Stanu, w roku 1805. Zmarł w Paryżu.