Po wojnie zaangażował się jako aktor komediowy w audycjach radiowych, a następnie w teatrze i telewizji. Jego pierwsze role telewizyjne były związane głównie z tematyką dziecięcą. Jedną z najbardziej rozpoznawalnych ról, jaką odgrywał, była rola trzeciego wcielenia Doktora – głównego protagonisty serialu Doktor Who. Angaż otrzymał po tym, jak Ron Moody zrezygnował z propozycji objęcia roli DoktoraBBC Radio 4 An Hour with Jon Pertwee. Wystąpił w 5 sezonach tego serialu w latach 1970–1974, co łącznie składa się łącznie na 128 odcinkówBez The Five Doctors (1983) i Dimensions in Time (1993). Po swoim oficjalnym odejściu powrócił jeszcze do roli dwukrotnie, w roku 1983 w historii The Five Doctors i w 1993 w historii Dimensions in Time.
Jego inną rozpoznawalną rolą była tytułowa postać w serialu dla dzieci Worzel Gummidge. Serial powstał na podstawie książki Barbary Euphan Todd i emitowano go na kanale ITV w latach 1979–1981. Po zakończeniu emisji serialu Pertwee sam organizował kontynuacje m.in. produkcja Worzel Gummidge Down Under emitowana na kanale Channel 4 w latach 1982–83. W 1995, na 40.