Po przeszkoleniu w dywersji został zaprzysiężony 13 listopada 1941 roku w Oddziale VI Sztabu Naczelnego Wodza. Zrzutu dokonano w nocy z 6 na 7 stycznia 1942 roku w ramach operacji „Shirt” dowodzonej przez por. naw. Mariusza Wodzickiego. Dostał przydział na III Odcinek Wachlarza na stanowisko instruktora dywersji w bazie warszawskiej. Dowodził akcją wysadzenia transportu wojska 3 czerwca 1942 roku pod Kopcewiczami. Linia kolejowa była zablokowana do 5 czerwca, a Marek stracił 3-4 ludzi ze swojego 9-osobowego patrolu.
Na przełomie lipca i sierpnia 1942 roku został przeniesiony do Komendy Odcinka I Wachlarza na stanowisko wykładowcy dywersji. Od 2 marca 1943 roku pracował jako wykładowca w szkole dywersji „Zagajnik” Kedywu Odcinka IV. 3 listopada 1943 wraz z cichociemnymi: kpt. Maciejem Kalenkiewiczem ps. Kotwica oraz ppor. Mieczysławem Eckhardtem ps. Bocian w składzie pocztu sztandarowego podczas poświęcenia sztandaru dla 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej w Kościele Panien Kanoniczek w Warszawie przy ul. Bielańskiej.