Od tego czasu wspólnota grecka cieszyła się zdecydowanie większymi prawami do miejsc świętych, co wynikało z ich wpływów u władców Imperium Osmańskiego, sprawujących wówczas władzę nad Palestyną. Na przestrzeni wieków między przedstawicielami różnych wyznań chrześcijańskich w Ziemi Świętej narosło wiele sporów o dostęp i prawa do sanktuariów. Od 1634 roku prawosławnymi patriarchami Jerozolimy byli wyłącznie biskupi pochodzenia greckiego. Waśnie osiągnęły apogeum w XVII i XVIII wieku.
W 1757 roku sułtan Osman III wydał firman przyznający opiekę nad bazyliką Grobu Świętego, Grobem Marii Panny i bazyliką Bożego Narodzenia zdominowanemu przez Greków patriarchatowi Jerozolimy. Po pożarze bazyliki Grobu Świętego w 1808 roku naprawami i przebudową kierowali już prawosławni, co przypieczętowało ich dominację. W XIX wieku sprawa zwierzchności nad sanktuariami w Ziemi Świętej zaczęła przeradzać się w spór polityczny, w którym oponentami była opowiadająca się za prawami Kościoła łacińskiego Francja i optująca na rzecz prawosławnych Rosja. Od 1829 roku stały udział w dostępie do bazyliki Grobu Świętego uzyskał Apostolski Kościół Ormiański. W połowie XIX wieku nastąpiła eskalacja sporu.