Zaobserwowano 7 gatunków namorzyn na 10 występujących na Madagaskarze.
W parku możemy wyróżnić takie gatunki jak Galeola humblotii z rodziny storczykowatych, Dypsis antanambensis z rodziny arekowców, czy monotypowy gatunek Satranala decussilvae również z rodziny arekowców.
Fauna W lądowej części parku odnotowano 77 gatunków ptaków, 13 gatunków lemurów, 17 gatunków gryzoni oraz 7 gatunków ryb słodkowodnych. Natomiast w morskiej części parku zaobserwowano 132 gatunków parzydełkowców, 179 gatunków ryb morskich, 16 stawonogów, 2 gady oraz 2 ssaki.
W parku żyje największy przedstawiciel lemurowatych – indris. Chociaż indris posiada zazwyczaj czarno-białą sierść, to populacje w Parku Narodowym Mananara Nord są całkowicie czarne. Ponadto można tu spotkać lemura wełnistego, palczaka madagaskarskiego, czy gatunki ptaków Calicalicus madagascariensis, pustułka malgaska, Euryceros prevostii oraz Coracopsis nigra. W morskiej części parku można spotkać takie gatunki jak Kyphosus cinerascens, Leiognathus equulus, czy gatunki rodzaju Hemiramphus.