Zbiory thumb|Graduał raciborski Zasoby muzeum zostały podzielone na dziedziny. Obecnie znajdują się tam cztery działy merytoryczne tzw. działalności podstawowej: Archeologii, Etnografii, Historii, Sztuki i Rzemiosła Artystycznego oraz działy pomocnicze: Oświatowy i Administracyjny, a także pracownie: fotograficzna i techniczna. Muzeum posiada około 30 tys. sztuk i zespołów zabytków w działach merytorycznych. Te, które zyskują na największym zainteresowaniu prezentowane się na wystawach.
Wśród eksponatów na szczególną uwagę zasługują: Mumia Dżed-Amonet-ius-anch wraz z kartonażem i dwoma sarkofagami, darowana w 1861 roku przez barona Anzelma von Rothschilda, będąca głównym elementem wystawy W domu Ozyrysa. Jest to jedyna wystawa na Śląsku przedstawiająca zabytki starożytnego Egiptu; grób ze złamanym mieczem odkryty w trakcie prac remontowych w prezbiterium kościoła, być może jest to grób ostatniego z książąt raciborskich z rodu Przemyślidów czeskich, Walentyna; piec z przełomu XV i XVI wieku, zrekonstruowany na podstawie znalezionych podczas prac remontowych kafli, prawdopodobnie najstarszy tego typu zabytek w Polsce; zbiór XIX-wiecznych raciborskich strojów ludowych, a szczególnie kolekcja bogato zdobionych czepców; kolekcja 249 różnego rodzaju wyrobów cynowych z okresu od XVII do XIX wieku, wśród nich między innymi są