Smukłe zęby tego zauropoda miały nieznacznie zakrzywione korony, owalne w przekroju. Zęby żuchwy mogły być 20–30% mniejsze od swych szczękowych odpowiedników, ale poznano niewiele z nich, a ich dojrzałość jest niepewna. Poza tą cechą zęby nie różniły się między sobą. Poniżej każdego pracującego zęba znajdowała się kolumna 9 zębów czekających, by zastąpić ten aktywny. Na szczękę przypadało 68 kolumn, podczas gdy na żuchwę 60. Określa się je mianem baterii zębowych. Podobne występowały u hadrozaurów i ceratopsów. U nigerzaura obejmowały w sumie ponad 500 zębów, aktywnych bądź zastępczych. Baterie zębowe wyrzynały się razem, nie jedna po drugiej. Szkliwo zębów nigerzaura było wysoce asymetryczne, 10 razy grubsze na zewnętrznych powierzchniach. Przypominało pod tym względem rozwiązanie obecne u zaawansowanych ewolucyjnie ptasiomiednicznych.