Z kolei według strony rządowej w czasie kiedy rebelianci kontrolowali Bor, doszło tam do masakry w szpitalu na 127 pacjentach. Zaprzeczyli temu bojownicy SSLA, argumentując tym, że nie brali za cel cywilów.
Po odbiciu Boru, od wieczora 24 grudnia 2013 walki trwały w Malakal w stanie Nil Górny, gdzie toczyły się między rebeliantami Machara a lojalistami Kiira. 26 grudnia 2013 podjęły kontratak w Bentiu. 27 grudnia 2013 siły rządowe opanowały sytuację na obszarze Malakalu. Siły Zbrojne Sudanu Południowego podczas bitwy używały ciężkiej artylerii i czołgów. Równolegle walki trwały na zachód od miasta Pariang w stanie Unity, gdzie zrównano z ziemią wioskę Panyang, a 26 grudnia 2013 SPLA zniszczyła 37 pojazdów należących do Nuerów. Cywile masowo uciekali z miasta Pariang, instalując się w obozie dla uchodźców Yida. Rebelianci ze stanu Unity oskarżyli Ruch Sprawiedliwości i Równości (JEM) o wspieranie sił rządowych i pomoc w zajmowaniu pól naftowych, które był także ważne dla ugrupowania walczącego w Darfurze. JEM zaprzeczyło jakoby był zaangażowany w walki w Sudanie Południowym.