12 sierpnia 1916 roku drugim dowódcą UB-31 został mianowany Oberleutnant zur See Thomas Bieber. W czasie służby we Flotylli Bałtyckiej okręt nie odniósł żadnych sukcesów. 24 lutego 1917 roku okręt przydzielony do Flotylli Flandria. Operował w obszarze kanału Morza Północnego, La Manche, północnych wybrzeży Francji oraz Morza Celtyckiego.
Pierwszym zatopionym przez UB-31 statkiem był należący do Cork Steamship Co., Ltd., Cork, zbudowany w 1906 roku brytyjski parowiec „Kittiwake” o pojemności BRT. Statek płynął z ładunkiem drobnicowym z Liverpoolu do Rotterdamu. Został storpedowany i zatonął około 25 mil od wejścia do portu, w wyniku ataku zginęło 7 członków załogi. 28 kwietnia UB-31 zatopił brytyjski parowiec pasażerski RMS MedinaRMS - Royal Mail Ship. o pojemności BRT. Zbudowany w 1911 roku przez Caird & Company z Greenock, dla Peninsular and Oriental Steam Navigation Company, był przeznaczony do rejsów pasażerskich oraz przewozu poczty z Londynu do Australii dla Royal Mail. Statek, który powracał z Sydney przez Plymouth do Londynu został storpedowany i zatonął 3 mile od przylądka Start Point, South Hams. W wyniku ataku zginęło 6 osób. 21 maja w czasie kolejnego patrolu 12 mil na południowy zachód od Lizard UB-31 storpedował i zatopił brytyjski parowiec „City Of Corinth” o pojemności BRT.