Pod koniec października wraz z ÖVP podjął rozmowy koalicyjne z narodowo-konserwatywną Wolnościową Partią Austrii (FPÖ). W połowie grudnia ogłoszono zawarcie porozumienia i przedstawiono skład przyszłego gabinetu, w ramach którego liderowi ludowców przypadła funkcja kanclerza. Urzędowanie na tym stanowisku rozpoczął 18 grudnia 2017, gdy jego rząd został zaprzysiężony przez prezydenta Alexandra Van der Bellena.
17 maja 2019 prasa opublikowała pochodzące z lipca 2017 nagrania ze spotkania lidera FPÖ, m.in. z kobietą podającą się za krewną wpływowego rosyjskiego oligarchy. W jego trakcie Heinz-Christian Strache miał m.in. oferować jej pomoc w uzyskaniu państwowych kontraktów w zamian za wsparcie jego partii przez austriacki tabloid, w który kobieta miała zainwestować. Zapoczątkowało to tzw. aferę z Ibizy. 18 maja Sebastian Kurz wykluczył możliwość dalszej współpracy z wicekanclerzem i zapowiedział jego odejście z rządu, a także dążenie do przedterminowych wyborów.