władze tureckie nie zdecydowały się na ich siłowe rozpędzanie, zaś w końcu stycznia 1909 skierowały do miasta specjalną komisję. Zmieniła ona początkową decyzję i ogłosiła, iż Damian został bezprawnie usunięty z urzędu. 7 lutego władze tureckie zmusiły do wyjazdu z Jerozolimy najważniejszych przeciwników patriarchy – sekretarza Patriarchatu mnicha Melecjusza oraz rektora miejscowej szkoły teologicznej Chryzostoma. 10 lutego locum tenens Melecjusz zmarł na atak serca. Sześć dni później Synod Patriarchatu Jerozolimskiego skierował do Damiana prośbę o wybaczenie i ponownie przyjęcie urzędu. Została ona zaakceptowana; jedynie patriarchowie konstantynopolitański i aleksandryjski do lata 1909 wstrzymali się z uznaniem powrotu Damiana za kanonicznie ważny.
Powrót Damiana na tron patriarszy nie zakończył arabsko-greckich sporów. Jesienią 1909 arabscy wierni kontynuowali protesty, toteż w 1910 władze tureckie zorganizowały kolejną komisję, która miała je rozstrzygnąć. Z jej polecenia w maju 1910 utworzono radę złożoną z 6 duchownych i 6 świeckich, kierowaną przez patriarchę, odpowiedzialną za prowadzenie podlegających patriarchatowi cerkwi i szkół oraz za opiekę nad majątkiem kościelnym. Rada nie spełniła pokładanych w niej nadziei.