W lipcu 1931 odsunięto go od pełnionego stanowiska. Znalazł pracę w komisariacie ludowym handlu zagranicznego. Od października tego roku stał na czele prezydium wszechzwiązkowej izby handlowej. W 1934 skierowano go do Mongolii, gdzie przewodniczył sowiecko-mongolsko-tuwińskiej izbie handlowej narkomatu handlu zagranicznego. Następnie pełnił funkcję pełnomocnego przedstawiciela rady pracy i obrony ZSRR w Tadżykistanie, a potem przewodniczącego kierownictwa Sowmongtuwtorgu. W 1935 powrócił na stanowisko przewodniczącego prezydium wszechzwiązkowej izby handlowej ZSRR. Odznaczony Orderem Czerwonego Sztandaru.
W okresie „wielkiej czystki” 15 czerwca 1937 aresztowany przez NKWD, 2 września 1937 skazany przez trójkę NKWD na karę śmierci, stracony tego samego dnia w miejscu egzekucji Kommunarka pod Moskwą, pochowany anonimowo.
Linki zewnętrzne Biografia Stanisława Messinga (jęz. rosyjski) Kolejna biografia Stanisława Messinga (jęz. rosyjski)
Działalność Stanisława Messinga w sowieckich służbach specjalnych (jęz. rosyjski) http://www.sakharov-center.ru/asfcd/martirolog/?t=page&id=10997 (ros.)