Z jego inicjatywy w monasterze zbudowano cerkiew z czterema ołtarzami: głównym Przemienienia Pańskiego i bocznymi o wezwaniach takich, jak ołtarze w świątyni wzniesionej w 1625 r..
W 1764 r., w czasie sekularyzacji dóbr kościelnych i ustanowienia podziału monasterów na klasy, wspólnota św. Aleksego otrzymała rangę II klasy. Zlikwidowano w niej również pełną wspólnotę i wprowadzono obowiązek samodzielnego utrzymywania się przez mniszki (poza dotacją państwową). W 1812 r., po wkroczeniu Wielkiej Armii Napoleona I do Moskwy, monaster został rozgrabiony i częściowo spalony (ocalała jedynie cerkiew). Natychmiast po wycofaniu się Francuzów ze stolicy Rosji przystąpiono do prac remontowych. Klasztorem szczególnie opiekował się arcybiskup moskiewski Augustyn.
Monaster po raz drugi zmieniał lokalizację w związku z budową soboru Chrystusa Zbawiciela – wotum cara Aleksandra I za zwycięstwo nad Napoleonem. Miejsce, gdzie funkcjonowała wspólnota, uznano za najodpowiedniejsze dla wzniesienia ogromnej świątyni. W związku z tym metropolita moskiewski Filaret polecił przeniesienie żeńskiego monasteru na miejsce przy cerkwi Podwyższenia Krzyża Pańskiego we wsi Krasnoje Sieło. W 1837 r.