Rozkwit monasteru związany jest postacią ihumeni Antoniny (Troiliny), córki duchownej metropolity moskiewskiego Filareta, która kierowała wspólnotą od 1871 do 1897 r. W okresie kierowania przez nią klasztorem przywrócona została w nim pełna wspólnota, wzniesiono przy monasterze szpital i nowe świątynie, w tym cerkiew Wszystkich Świętych, poświęcony w 1891 r. przez metropolitę moskiewskiego Joannicjusza. W świątyni tej wystawiona dla kultu była cudowna ikona Matki Bożej „Uzdrowicielka”. W budynku znajdował się także marmurowy ikonostas wykonany według projektu D. Cziczagowa. Od 1871 r. przy klasztorze działała szkoła dla prawosławnych Serbek i Bułgarek, naukę w monasterskiej szkole mogły pobierać również dziewczęta z rodzin białego duchowieństwa. Mniszki pracowały również w żeńskim oddziale szpitala więziennego w Moskwie, zaś na terenie klasztoru wydawały obiady dla ubogich kobiet. W 1889 otworzyły przytułek dla setki ubogich płci obojga.
W okresie kierowania monasterem przez ihumenię Antoninę klasztor św. Aleksego stał się także znaczącym ośrodkiem życia duchowego, odwiedzanym licznie przez wiernych. Ihumenia utrzymywała kontakty z Janem Kronsztadzkim, Mikołajem (Kasatkinem) i Ignacym (Brianczaninowem).