Ponadto z analiz filogenetycznych przeprowadzonych przez Schocha (2000) oraz Damianiego (2001) wynika, że rodzaje zaliczane do rodziny Capitosauridae nie tworzą kladu, do którego nie należy również rodzaj Mastodonsaurus. Jednocześnie Schoch (2000) za niepewną uznał przynależność Benthosuchidae do kapitozaurów; za bardziej prawdopodobne uznał pokrewieństwo rodzajów zaliczanych do tej rodziny z inną grupą stereospondyli, trematozaurami. Schoch i Milner (2000) w swojej klasyfikacji kapitozaurów w ogóle nie wyróżnili już rodziny Capitosauridae, zamiast niej wyróżniając w obrębie Capitosauroidea osobne rodziny Parotosuchidae, Mastodonsauridae, Eryosuchidae, Paracyclotosauridae i Cyclotosauridae (ta ostatnia z podrodzinami Stenotosaurinae, Heylerosaurinae, Tatrasuchinae i Cyclotosaurinae). Autorzy zaliczyli ponadto rodziny Benthosuchidae i Wetlugasauridae do trematozaurów.
Damiani (2001) zwrócił uwagę, że już w 1885 r. Richard Lydekker wyróżnił i nazwał rodzinę Mastodonsauridae;