zdaniem autorów Mastodonsauroidea jest wprawdzie starszym synonimem Capitosauroidea, ale to ta druga nazwa jest w powszechnym użyciu i tym samym zastąpienie jej nazwą starszą odbyłoby się z naruszeniem art. 35.5 Międzynarodowego Kodeksu Nomenklatury Zoologicznej. W późniejszej publikacji Schoch (2008) wyróżnił grupę Capitosauroidea, do której zaliczył wszystkich przedstawicieli grupy Capitosauria (definiowanej przez Damianiego i Yatesa, 2003 jako klad obejmujący wszystkie stereospondyle mające bliższego ostatniego wspólnego przodka z rodzajem Parotosuchus niż z rodzajem Trematosaurus) poza bazalnymi rodzajami Wetlugasaurus, Sclerothorax i Watsonisuchus. W publikacji z 2013 roku Schoch zaproponował definicję filogenetyczną Capitosauroidea; zdefiniował je jako najmniejszy (obejmujący najmniej gatunków) klad, do którego należą gatunki Parotosuchus nasutus i Cyclotosaurus robustus.
Przedmiotem sporów pozostają również pokrewieństwa w obrębie grupy Capitosauroidea. Niepewna jest zwłaszcza pozycja filogenetyczna rodzajów charakteryzujących się całkowitym zamknięciem wcięcia usznego, tj. rodzajów Cyclotosaurus i Eocyclotosaurus.