W tym samym roku Lángara objął urząd sekretarza stanu w ministerstwie marynarki oraz stanowisko radcy stanu. W roku 1797 mianowano go generalnym inspektorem hiszpańskiej marynarki. W roku 1799 przeszedł w stan spoczynku. Na kilka miesięcy przed śmiercią w roku 1806, hiszpańska flota poniosła sromotną klęskę w bitwie pod Trafalgarem. Według wszystkich relacji Lángara odznaczał się wysokimi umiejętnościami, odwagą, skrupulatnością, znajomością osiągnięć naukowych oraz poświęceniem. Jego głównymi wadami były: duma oraz wyniosłość, szczególnie wobec brytyjskich sprzymierzeńców, których traktował z wyraźną pogardą, graniczącą z obrzydzeniem.
Jego żona, Doña María Lutgarda, 2. markiza del Real Transporte y de la Victoria, którą poślubił w roku 1758 była wnuczką Juana José Navarro, 1. markiza de la Victoria (który zasłynął dzięki zwycięstwu nad Johnem Byngiem pod Cape Sicié w roku 1744) oraz córką znanego badacza i oficera marynarki Antoniego de Úlloa.